合肥工业大学2005年成为国家“211工程”重点建设高校，2009年成为国家“985工程”优势学科创新平台建设高校，2017年进入国家“双一流”建设高校行列，管理科学与工程入选“双一流”建设学科，2022年入选第二轮“双一流”建设高校，管理科学与工程入选“双一流”建设学科名单。

学校现有20个博士学位授权一级学科、5个博士专业学位授权点；38个硕士学位授权一级学科、23个硕士专业学位授权点；3个国家重点学科（其中一级学科国家重点学科1个，二级学科国家重点学科2个）、1个国家重点培育学科、28个省级重点学科；17个博士后科研流动站。

为全面提升学科建设水平，学校制定了《合肥工业大学“十四五”学科建设发展规划》、《合肥工业大学一流学科建设高校建设方案》、《合肥工业大学学科建设目标管理实施方案》等文件，进一步加强学科内涵建设。